En el año 1.968 unos jóvenes del pueblo se dirigen a Juan Contreras con la intención de formar un equipo de fútbol.

La organización del trofeo Boscos les condiciona su participación en el mismo a que dispusieran de campo y vestuarios para jugadores y árbitro. Juan Contreras acompañado de Francisco Iriarte y Ángel Arellano se dirigieron al Concejo de Mutilva Baja para solicitarle un terreno comunal (situado al lado de Pan Mina) que acondicionaron para campo de fútbol junto con unos vestuarios con la ayuda de vecinos del pueblo.

En la primera junta convocada en 1968 por Juan Contreras se decidió el nombre del club como Mutilvera que se derivaba del concepto en euskera Mutilbere (mozos de abajo). Así mismo se eligió al que sería el primer presidente del club Alfonso Mateo.

El primer partido inaugural fue contra el Covinsa siendo primer entrenador José Ena, delegado Juan Contreras y primer gol de Sabino Garayoa.

En la temporada 73/74 se nombra presidente a Tomás Monreal.

En la temporada 75/76  se crea el primer equipo juvenil federado.

En la temporada 79/80  Osasuna fichó a Patxi Rípodas, pagando 50.000 pesetas al Mutilvera al haber debutado en el primer equipo. Fue jugador profesional en Osasuna y Athletic de Bilbao durante muchos años.

En la temporada 81/82 además de seguir con el equipo de Boscos Campo, se formó el equipo de Boscos Pista.

Bajo el mandato de Marino Abardía lo primero que se hizo fue arreglar el campo e incorporar un equipo de jóvenes del pueblo llamado Bethoven que participaban en el torneo de bares y comercios y pasó a llamarse Atlético Mutilvera. En esta temporada se contaba con tres equipos: Boscos pista, Boscos campo y Atlético Mutivera.

Desde la temporada 85/86 hasta el año 93 se van sacando equipos infantiles y juveniles, creándose en la temporada 91/92 un equipo femenino de fútbol campo justamente la temporada que la F.N. Fútbol organizó el primer campeonato de fútbol femenino. Durante este trayecto y en concreto en la temporada 88-89 se tuvo que jugar en el colegio Amigó (el colegio cedió el campo pequeño que tuvo que arreglarlo el Mutilvera) mientras se hacía el nuevo campo de tierra en el Polideportivo.

 

En la temporada 1993-94 se empezó a trabajar en las tres secciones anteriormente mencionadas. En estos años en la sección de tenis se realizaron un campeonato nacional infantil y varios open senior nacionales, en la sección de pelota varios campeonatos de paleta goma y la sección de fútbol fue aumentando en sus categorías inferiores.

En la temporada 1996-97 el club comienza su andadura en categoría superior federando el primer equipo en 1ª Regional.

A finales de la temporada 1997-98 se inauguró el actial campo de hierba artificial jugando nuestro primer equipo contra Osasuna Promesas, haciendo el saque de honor Juán Contreras y Alfonso Mateo (ex-presidentes). Además, se federaron dos equipos: 1ª Regional y 2ª juvenil.

En la temporada 1998-99 el primer equipo del club ascendió a Regional Preferente siendo entrenador José Antonio Corcuera. Esta temporada se federaron 4 equipos: 1ª Regional, 2ª juvenil, 1ª infantil y sala masculino.

La temporada 1999-00 se participó con 7 equipos: R. Preferente, 1ª Regional, 2ª juvenil, cadete, infantil, sala femenino y Boscos Pista. Por primera vez en la historia del club se crea un equipo femenino de fútbol sala.

Durante la temporada 2002-03, debido a la delicada clasificación que ocupaba el equipo, viene como entrenador hasta final de temporada Pedro Arozarena (ex jugador de Osasuna) para conseguir que el equipo mantenga la categoría. Esta temporada se participa con 13 equipos en diferentes categorías. En esta misma temporada concretamente el 06/12/2002 nuestro equipo de 3ª juega un partido amistoso contra Osasuna (1º equipo) en el estadio del Sadar dejando un buen sabor de boca a todos.

En la temporada 2004-05 además de tener ya 18 equipos, se juega la fase de ascenso a 2ª B con el equipo de 3ª, siendo entrenador Alfonso Gogorcena. Sin embargo,no se pasa la primera eliminatoria contra el Utebo de Zaragoza al perder 0-1 y 3-2. Por otro lado, nuestro equipo de 1ª juvenil asciende a Liga Nacional Juvenil, siendo entrenador Michel Blanco.

Por último, la temporada no pudo tener mejor final, Aitor Navarro Irigoyen ha sido nuestro primer jugador en la historia que va a una selección Navarra de Fútbol 7 para jugar el campeonato de España de selecciones autonómicas quedando subcampeones.

En la temporada 2005-06 el club consigue llegar a los 21 equipos y poco a poco ir formando toda la escalera desde abajo hasta arriba. El equipo mayor no logra jugar fase de ascenso, después de hacer una temporada irregular quedando en sexta posición. Lo único positivo que 6 jugadores de categorías inferiores debutaron en el equipo de 3ª (Manolo Romero e Ibán Pezonaga, Asier Echeverría, Javier Fuertes, Iñigo Primo y Mikel Macaya). Dos jugadores más van a las selecciones navarras: Daniel Rojas a Fútbol 7 y Arkaitz Alvaro a sub-23.

La temporada 2006-07 hay cambio de entrenador del equipo de 3ª división, Javier Ubasos, con él se vuelve a jugar la fase de ascenso contra el Girona ganando el partido de ida 1-0 y perdiendo el de vuelta 4-0. Esta temporada se crean 23 equipos. Además, durante este año debutaron dos chavales del Liga Nacional Juvenil (Joshua Cerezo y Ángel Álvarez) en el equipo de 3ª. Tambien tuvimos representantes en diferentes selecciones navarras, Iosu Ochoa, Arkaitz Alvaro, Iñaki Indurain, Jorge Ayechu y Fermín Soto a la selección de 3ª (zona norte) y Adur Larrainzar y Alvaro Palacios a la sub-14.

Por fin llega la temporada 2007-08 y en ella se logra crear toda la escalera de equipos dentro del club que se iba anhelando hace años (27 equipos). Además el equipo de 3ª vuelve a clasificarse para jugar la fase de ascenso a 2ª B. Se juega contra el Santa Eulalia de Ibiza perdiendo en la isla 2-0 y empatando en la vuelta 1-1. Eneko Satrústegui, jugador juvenil debuta y juega casi todo el año con el equipo de 3ª.

En el mes de marzo se empieza a jugar en un campo nuevo que hace el Ayuntamiento del Valle de Aranguren en el Polideportivo Municipal de hierba artificial de última generación y de unas dimensiones 105m x 68m con 8 vestuarios y una tribuna magnífica. El primer partido oficial lo juegan Mutilvera – Aoiz (3ª división- 29 de marzo del 2008) ganando los locales 1-0 con gol de Toni Rodrigo. Esta temporada van a la selección aficionada navarra Arkaitz Alvaro, Asier San José y Toni Rodrigo, además Eneko Satrústegui y Nicolas Dib a la sub-18 y Daniel Rojas a la sub-14.

En la temporada 2008-09, además de jugar el equipo de 3ª en el nuevo campo también lo hacen el 1ª Regional, L. Nacional, 2ª juvenil y L. Cadete toda la temporada. De forma esporádica lo hacen el resto de equipos. Se consigue otro reto que se había planteado el club ascender el equipo de 1ª regional, quedando campeón de grupo, a R. Preferente, siendo entrenador Ismael Beroiz. Se participa con 28 equipos en todas las categorías posibles. El equipo de 3ª vuelve a jugar la fase de ascenso a 2ª B contra el Sporting Mahonés empatando 0-0 en Mutilva y perdiendo en Mahón 1-0.

La temporada 2009-10 empezó con los mismos equipos que la anterior pero con uno en R. Preferente, nueva categoría para uno de los equipos del club (28). Nuestro equipo de 2ª juvenil ascendió a 1ª juvenil y el resto mantuvieron las categorías donde jugaron. El equipo de 3ª se quedó en puertas de jugar la fase de ascenso a 2ª B (5º puesto). Hemos tenido un jugador Alex Moreira que ha ido a la selección navarra sub-12. Osasuna se ha vuelto a llevar dos jugadores para sus equipos, femenino fútbol 7 y cadete, María Blanco y Álvaro Garrido.

La temporada 2010-11 ha empezado con 32 equipos en todas las categorías. Después de cuatro temporadas ha habido cambio de entrenador del equipo de 3ª y ha venido a entrenar Miguel González.